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基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装有问题
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：104
脚本： hadoop @Master :~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem $ cat compile.pl #! /usr/bin/perl system "mvn clean package" ;chdir "./src" ;system "mvn package -PotherOutputDir" ;chdir "./main/jni_fpga" ;system "mvn package -PotherOutputDir" ;chdi[详细]
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基因数据处理47之ART基因序列数据生成器（仿真）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：161
1.概念： ART基因序列数据生成器 详细请见论文：【1】 和官网【2】 2.下载： ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgz http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz 3.配置 sudo cp到[详细]
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基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：184
1.先使用art生成数据： 请看前一篇 2.上传fastq到hdfs： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ spark-submit -- class cs . ucla . edu . bwaspark . BWAMEMSpark -- master local [2] / home / hadoop / xubo / tools / cloud - s[详细]
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基因数据处理48之ART使用实例
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：65
相关参数请见上一篇 1.使用实例1： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522 .fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ==================== ART ==================== ART_Illumina ( 200[详细]
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求0至大数之间的随机数
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：116
题目：给定一个String类型的大数(非负整数)，不能直接转化为Integer，类似如下要求 The numbers can be arbitrarily large and are non-negative. Converting the input string to integer is? NOT ?allowed. You should? NOT ?use internal library such as[详细]
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推荐系统技术 --- 文本相似性计算（二）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：76
第一篇地址：http://www.voidcn.com/article/p-vwrvnxub-c.html 上一篇中我们的小明已经中学毕业了，今天这一篇继续文本相似性的计算。 首先前一篇不能解决的问题是因为我们只是机械的计算了词的向量，并没有任何上下文的关系，所以思想还停留在机器层面，还[详细]
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推荐 | 9个最佳的大数据处理编程语言
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：53
大数据的浪潮仍在继续。它渗透到了几乎所有的行业，信息像洪水一样地席卷企业，使得软件越发庞然大物，比如Excel看上去就变得越来越笨拙。数据处理不再无足轻重，并且对精密分析和强大又实时处理的需要变得前所未有的巨大。 那么，在巨大的数据集中进行筛选[详细]
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基因数据处理37之bdg-formats编译成功
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：76
更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning 1解释 bdg-formats是在spark平台上用avro定义的基因处理的数据格式，包括read、sam、vcf、databaseannotion在云平台上的格式，主要用于Adam系统中 2.代码： 【2】下载 编译： mvn clean package -Dsk[详细]
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《hadoop进阶》PeopleRank从社交关系中挖掘价值用户
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：144
转载请注明出处： 转载自? Thinkgamer的CSDN博客： blog.csdn.net/gamer_gyt 代码下载地址：点击查看 1：PageRank 与 PeopleRank 2：需求分析：挖掘CSDN博客的价值用户 3：算法模型：PeopleRank算法 4：架构设计：从数据准备到PR算法的MR化 5：程序开发：had[详细]
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XTU 1247 Robb#39;s Problem
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：151
Robb’s Problem [ Submit Code ] [ Top 20 Runs ] Acceteped : 48 ? Submit : 335 Time Limit : 1000 MS ? Memory Limit : 65536 KB ? Description Robb’s Problem 题目描述 Robb想知道阶乘 n ! 第 m 位数码是什么？ 输入 第一行是一个整数 T , ( 1 ≤ T[详细]
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基因数据处理38之dbSnpId到omimId的映射表
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：95
1.下载： 首先收到【2】，来源是【2】 【1】中有描述： You can also get those SNPs with an OMIM ID number by downloading from the dbSNP FTP site: the OmimVarLocusIdSNP table contains the information you need for your organisim of interest (hu[详细]
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基因数据处理39之mango安装记录
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：56
更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning 1解释 mango安装记录 mango主要是在adam上实现 可视化平台 A scalable genome browser 2.代码： git clone https: //github.com/bigdatagenomics/mango.git cd mangomvn clean package -DskipTests[详细]
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51NOD 1116 K进制下的大数(字符串取模 + 枚举)
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：160
传送门 1116 K进制下的大数 基准时间限制：1 秒 空间限制：131072 KB 分值: 20 难度：3级算法题 收藏 关注 有一个字符串S，记录了一个大数，但不知这个大数是多少进制的，只知道这个数在K进制下是K - 1的倍数。现在由你来求出这个最小的进制K。 例如：给出的[详细]
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poj3181 Dollar Dayz (DP+大数)
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：63
Dollar Dayz Crawling in process... Crawling failed Time Limit: 1000 MS???? Memory Limit: 65536 KB???? 64bit IO Format: %I64d %I64u Submit Status Practice POJ 3181 Appoint description: System Crawler (2016-05-27) Description Farmer John goe[详细]
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基因数据处理40之bedtools的安装和使用
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：198
1.下载： git clone https: //github.com/arq5x/bedtools.git 2.编译： make 3.配置： cp * /usr/local /bin/ 4.运行： bam变成bed hadoop @Master :~/xubo/data/snap $ bamToBed -i datatest.sorted.bam datatest.sorted.bed 查看： hadoop @Master :~/xubo[详细]
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机器学习中的相似性度量：距离，原来还有这么多类
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：96
来自：苍梧 - 博客园 链接：http://www.cnblogs.com/heaad/archive/2011/03/08/1977733.html 在做分类时常常需要估算不同样本之间的相似性度量(SimilarityMeasurement)，这时通常采用的方法就是计算样本间的“距离”(Distance)。采用什么样的方法计算距离是[详细]
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大数相加，大数相乘和100！
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：81
???????????? 自从腾讯HR面试被刷后，也就不想找实习了，记住教训吧，没事还有九月份，现在和其他人几个人都加进去了linux3+1实验室，暑假好好干一个暑假。 ??? 大数相加虽然之前写过，但是现在写代码起码也应该有自己的风格和规范了，其实大数相加和大数相[详细]
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大数据处理语言：U-SQL 介绍
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：195
微软宣布了新的 Azure 数据湖（Azure Data Lake）服务，该服务被用于云分析，包括了一个超大规模信息库；一个在 YARN 上建立的新的的分析服务，该服务允许数据开发者和数据科学家分析全部的数据；还有 HDInsight，一个全面管理 Hadoop、Spark、Storm 和 HBas[详细]
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Twitter开源大数据实时分析系统Heron：Heron架构
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：156
Heron架构 Heron是Apache Storm的一个直接继承者。从架构角度来看，它与Storm截然不同，但是从API的角度看它是完全向后兼容的。 下面的章节指明了Heron和Storm的区别，描述了Heron背后的设计目标，并解释了其架构的主要组件。 代码库 Heron代码库的详细指南[详细]
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大数据分析界的“神兽”Apache Kylin初解
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：144
转自李栋，来自Kyligence公司，也是Apache Kylin Committer PMC member，在加入Kyligence之前曾就职于eBay、微软。 今天分享的主题是：聊聊“神兽”Apache Kylin的最新特性。本次分享将首先对Apache Kylin进行基本介绍；接下来介绍1.5.x最新版本在架构上的重[详细]
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kylin-BI工具-tableau9
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：176
Tableau 9 Tableau 9.x has been released a while,there are many users are asking about support this version with Apache Kylin. With updated Kylin ODBC Driver,now user could interactive with Kylin service through Tableau 9.x. Apache Kylin cu[详细]
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Presto随笔
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：174
解决了什么问题 快读的交互式查询 presto 和hive到底什么关系 http://www.mutouxiaogui.cn/blog/?p=395 和hive在一个层级，都是基于hdfs的。但是presto可以借助hive的元信息找到hdfs上的节点。 presto现在已经可以连接 MySQL postgre hive等了 presto为什么[详细]
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HDOJ/HDU 5686 Problem B(斐波拉契+大数~)
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：79
Problem Description 度熊面前有一个全是由1构成的字符串，被称为全1序列。你可以合并任意相邻的两个1，从而形成一个新的序列。对于给定的一个全1序列，请计算根据以上方法，可以构成多少种不同的序列。 Input 这里包括多组测试数据，每组测试数据包含一个正[详细]
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LightOJ 1370 Bi-shoe and Phi-shoe（欧拉函数）
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：178
题目链接： LightOJ 1370 Bi-shoe and Phi-shoe 题意： 给出n个数，要求对每个数a[i]找一个数x[i]使得小于x[i]且与x[i]互素的数的个数不小于a[i],求出所有x[i]的最小和。 分析： 和最小则每个数对应的x[i]应最[详细]
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基因数据处理26之bcftools安装和使用
所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：200
1.下载： https://github.com/samtools/bcftools 2.安装 make make install 3.结合samtools使用 对排序好的bam数据用samtools生成bcf文件： xubo @xubo :~/xubo/data/testTools/se $ samtools mpileup -ugf ../hs38DH.fa hs2.sort.bam hs2.bcf 由于生成的是[详细]
